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 因单位（行政机关）原因，往年个人所得税未代扣代缴，审计发现后整改要求补缴个人所得税。税务部门反馈必须交滞纳金，否则软件上不能录入；单位财务说财政没有此项开支依据。以前没有收到过工资单，不知道个税是否已代扣代缴，责任应在单位，但目前能找到的政策依据只有《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函[2004]1199号）第三条规定：三、关于应扣未扣税款是否加收滞纳金的问题
按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
请问此文件是否仍然适用，如不适用，应该怎样处理。

根据《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函〔2004〕1199号）文件第三条规定，关于应扣未扣税款是否加收滞纳金的问题按照《征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》（中华人民共和国主席令第49号）文件第六十九条规定，扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
根据《国家税务总局关于贯彻〈中华人民共和国税收征收管理法〉及其实施细则若干具体问题的通知》（国税发〔2003〕47号）文件第二条规定，关于扣缴义务人扣缴税款问题。扣缴义务人违反征管法及其实施细则规定应扣未扣、应收未收税款的，税务机关除按征管法及其实施细则的有关规定对其给予处罚外，应当责成扣缴义务人限期将应扣未扣、应收未收的税款补扣或补收。
    综上所述，用人单位（行政机关）扣缴义务人应扣未扣纳税人的个人所得税，不需要缴纳滞纳金，但是会受到相应处罚。请您直接联系当地主管税务机关，需要由其依据相关政策法规并结合贵公司实际经营情况实事求是来认定。